Okulumuz, 1892 yılında, Mutasarrıf Ziver Paşa zamanında Maarif idaresinin ve halkın yardımı ile yaptırılıp açılmıştır. Üçü rüştiye (ortaokul), ikisi İdâdî (lise) olmak üzere beş sınıflı bir okul olarak "Kale-i Sultani Mekteb-i İdâdîsi" adıyla eğitim ve öğretime başlayan okulun 1900'lü yıllardaki müdürü, İsmail Hakkı Efendi'dir. Türk edebiyatının büyük kalemlerinden Reşat Nuri Güntekin de bu yıllarda bir buçuk yıl kadar bu okulda okumuştur.

Okul, 1913'te "Çanakkale Sultanisi" (lise) adıyla anılmaktadır. Milli Edebiyat Akımı temsilcilerinden Ali Canip Yöntem o yıllarda, okula edebiyat ve felsefe öğretmeni olarak atanmıştır.

12.09.1949'dan itibaren ortaokulu da bünyesine alarak "Çanakkale Lisesi" adını alan okul; bu devirde üç yıllık ortaokul, üç yıllık lise olarak hizmet vermiştir. Lise, daha sonra dört yıla çıkarılmıştır ve Bakalorya sınavları konmuştur. Okulun halk arasındaki yaygın adı olan "Taş Mektep" günümüze kadar gelmiştir. 1924 ile 1949 yılları arasındaki zaman dilimi içinde ortaokul kentin tek ortaokulu olarak Çanakkale gençliğinin yetişmesinde önemli bir misyon üstlenmiştir.

Eski lise binası, 1957 yılına kadar "lise", 1958-1971 yılları arasında "Öğretmen Okulu", 1971-1998 yıllarda arasında "M.Akif Ersoy Ticaret Lisesi" olarak eğitim işlevini sürdürmüştür. 2000 yılının başlangıcında geçirdiği restorasyonla "Öğretmenevi Oteli" olarak hizmet vermeye başlamıştır. Okulumuz 1957-1958 Eğitim-Öğretim Yılı’nda Cumhuriyet Meydanı’ndaki bugünkü Fen Lisesi binasına taşınmış ve 13.09.1982 tarihine kadar eğitimine iki katlı bu binada hizmet vermiştir.

1982-1983 Eğitim-Öğretim Yılında halen öğrenimin sürdüğü İsmetpaşa Mahallesi’ndeki 4 katlı, 32 derslikli yeni binasına taşınmıştır. Okulumuz bünyesinde bulunan pansiyon binası ise 4 ana bölüm ve 24 odası ile 144 erkek öğrenciye barınma hizmeti sunmaktadır.

1994-1995 Eğitim-Öğretim Yılından itibaren okul bünyesinde Çanakkale Yabancı Dil Ağırlıklı Lisesi de hizmete girmiştir. Son mezunlarını ise 2007-2008 Eğitim-Öğretim Yılında vermiştir.

22 Mart 2010 tarihinden itibaren Anadolu Lisesine dönüştürülen okulumuz; 1 Müdür, 1 Müdür Baş Yardımcısı, 3 Müdür Yardımcısı, 44 kadrolu öğretmen, 15 çalışan ve 535 öğrenciyle daha büyük başarılara ulaşmak adına eğitim-öğretime devam etmektedir.